ขณะที่มนุษย์กำลังฟื้นฟูสภาพหลังจากบทสรุปของ Transformers: Dark of the Moon เหล่าออโต้บ็อทและดีเซปติคอนต่างได้หายสาปสูญไปจากพื้นผิวโลก อย่างไรก็ดี กลุ่มของนักธุรกิจและนักวิทยาศาสตร์ที่ทรงอิทธิพลและชาญฉลาดได้พยายามเรียนรู้จากการจู่โจมของทรานส์ฟอร์เมอร์ในอดีต และสร้างเทคโนโลยีอันล้ำหน้าเกินการควบคุมของพวกเขา ทำให้ทรานส์ฟอร์เมอร์สดึกดำบรรพ์ที่ทรงอำนาจตัวหนึ่งได้เล็งเป้าโจมตีมายังโลก มหากาพย์การผจญภัย ศึกระหว่างธรรมะกับอธรรม อิสรภาพและการตกเป็นทาส จึงเกิดขึ้น
ฟังดูแล้วเหมือนกับว่ามีมนุษย์ไปเล่นกับเทคโนโลยีของทรานส์ฟอร์เมอร์สแล้วทำให้ทรานฟอร์เมอร์สในอดีตกาลได้คืนกลับมาเล่นงานมนุษย์ ซึ่งโครงเรื่องคล้าย Jurassic Park ภาคแรก ที่นักวิทยาศาสตร์ไปคืนชีพให้ไดโนเสาร์แล้วกลายเป็นเหยื่อให้ถูกเล่นงาน