ในปลายเดือนกันยายนปี1545  นักบุญฟรังซิสเซเวียร์ได้มาถึงเมืองมะละกา ชื่อเสียงของท่านจะดำรงอยู่ในเมืองนี้ไปอีกตราบนานเท่านานชายแก่คนหนึ่งได้กล่าวไว้ในปี 1616 ว่า“ตอนที่ข้าพเจ้ายังเป็นเด็ก ข้าพเจ้าได้เห็นคุณพ่อเซเวียร์ด้วยตาของตนเองเมื่อตอนที่ท่านขึ้นฝั่งครั้งแรกที่มะละกาประชาชนต่างวิ่งกรูกันมาที่อาเพื่อต้อนรับท่าน พวกเขาตะโกนอย่างยินดีว่า“บิดาผู้ศักดิ์สิทธิ์ได้มาถึงที่นี่แล้ว”

(แผนที่มะละกา ที่มา : https://khleo.tripod.com/oldpics.htm)

ก่อนที่ชาวโปรตุเกสจะเข้ามาเมืองแห่งนี้ปกครองโดยราชวงศ์มาลายูซึ่งยอมรับนับถือศาสนาอิสลามชาวโปรตุเกสได้ยึดครองมะละกาในปี1511 อัลบูเคิร์กคีข้าหลวงโปรตุเกสในอินเดีย ได้ยึดเมืองนี้จากพวกมุสลิมและสร้างป้อมปราการรวมทั้งโบสถ์ขึ้น ใช้เป็นฐานทัพสำหรับกองทหารในการดูแลอินเดียตะวันออก แต่ก็มีอุปสรรคเกิดขึ้นเพราะมีค่าใช้จ่ายมากเกินไปในการดูแลป้อม

เมืองมะละกานั้นคึกคักอย่างยิ่งเต็มไปด้วยผู้คนหลากหลายเชื้อชาติทั้งชาวอินเดีย ชาวอาหรับ ชาวจีน ชาวตะวันออกกลางแล้วชาวโปรตุเกส ในขณะนั้นยอดแหลมของโบสถ์ก็แข่งกับหอสวดมนต์ของมัสยิดแล้วอย่างไรก็ตาม จนกระทั่งบัดนี้ศาสนาคริสต์ก็ไม่ได้เป็นอะไรไปมากกว่าเครื่องมือทางการเมืองของโปรตุเกส

ในปี1521 ชาวสเปนได้เดินทางมายังตะวันออกเข้ามาในหมู่เกาะฟิลิปปินส์ตั้งแต่นั้นมาก็เป็นการยากที่จะกล่าวว่าขอบเขตของสเปนอยู่ตรงไหนและโปรตุเกสอยู่ตรงไหน และมักจะมีปัญหาการขัดแย้งกันระหว่างสุลต่านพื้นเมืองและผู้มาใหม่อย่างอยู่บ่อยครั้ง

ในวันที่ 10 พฤศจิกายน ซาเวียร์เขียนจดหมายไปหาบาทหลวงในโปรตุเกสว่า

“ข้าพเจ้าเทศน์สอนในอาสนวิหารทุกวันอาทิตย์เริ่มรู้สึกไม่ค่อยพอใจในคำเทศน์เหล่านั้นมากนักเท่าๆ กับผู้ฟังที่จะต้องอดทนฟังข้าพเจ้า ทุกวันเป็นเวลา 1ชั่วโมงหรือกว่านั้น ข้าพเจ้าสอนเด็ก ๆ ให้สวดภาวนาและประจำอยู่ที่โรงพยาบาลเพื่อคอยฟังคำสารภาพบาปของผู้ป่วยทำมิสซาและพูดคุยกับพวกเขา ข้าพเจ้ายุ่งอยู่กับการฟังสารภาพบาปและไม่สามารถที่จะรับฟังพวกเขาได้ทั้งหมดงานหลักอย่างหนึ่งของข้าพเจ้าก็คือการแปลบทสวดจากภาษาลาตินไปยังภาษาที่พวกเขาสามารถเข้าใจได้ในแถบนี้การไม่รู้ภาษาก็เป็นอุปสรรคอย่างยิ่ง”

“ขณะที่ข้าพเจ้ารอคอยลมมรสุมอยู่ที่ซานโทเม (ในอินเดีย) เพื่อที่จะออกเดินทางไปมะละกา ข้าพเจ้าได้พบพ่อค้าคนหนึ่งที่มีเรือพร้อมสินค้า และได้พูดคุยกับเขาเรื่องเกี่ยวกับพระเป็นเจ้าแล้วในที่สุด พระเจ้าก็ได้สอนเขาว่า มีสินค้าอื่น ๆ ที่เขาไม่เคยรู้จักหรือเคยซื้อขายมาก่อน(หมายถึงสวรรค์) ดังนั้นเขาจึงละทิ้งเรือและสินค้านั้นเสีย และติดตามข้าพเจ้าไปยังMacacares โดยตั้งใจว่าจะใช้ชีวิตที่เหลืออย่างยากจนถ่อมตัว และรับใช้พระเป็นเจ้าเขามีอายุ 35 ปี เคยเป็นทหารมาก่อน และใช้ชีวิตทางโลกอย่างเต็มที่แต่ตอนนี้เขากลายมาเป็นทหารของพระคริสต์ เขาออกคำสั่งตัวเองให้สวดภาวนาชายผู้นี้มีชื่อว่า Jaun d’Eyro”

เมื่อข้าพเจ้าไปถึงมะละกาก็มีจดหมายจำนวนมากจากโรมและโปรตุเกสส่งมาให้ซึ่งข้าพเจ้าก็ได้อ่านกลับไปกลับมาหลายรอบ จนรู้สึกว่าพวกพี่น้องของข้าพเจ้าก็อยู่ที่นี่ด้วยแม้ว่าจะไม่ใช่ร่างกาย อย่างน้อยก็ด้วยจิตวิญญาณ

“เหนือกว่าสิ่งใดทั้งหมดพี่น้องที่รัก ข้าพเจ้าภาวนาให้พวกท่านโดยอาศัยความรักของพระเจ้าเพื่อที่จะให้ส่งมิชชันนารีในบรรดาหมู่คณะของเราออกมาทุกปีเพราะพวกเขาเป็นที่ต้องการมาก การที่จะมาอยู่ท่ามกลางคนนอกศาสนานั้นการศึกษาสูงไม่จำเป็นเลย แต่การบำเพ็ญภาวนาทางจิตต่างหากที่พวกเขาจำเป็นต้องทำดังนั้นข้าพเจ้าขอสรุปว่าการภาวนานั้น จะช่วยวอนขอองค์พระผู้เป็นเจ้าให้ประทานพละกำลังในจิตวิญญาณของเราให้เต็มและนำไปสู่การปฏิบัติตามพระประสงค์ของพระองค์”

วันที่10 เดือนพฤศจิกายน 1514 เมืองมะละกา

………….......................................................................................................................

นักบุญฟังซิสเซเวียย้ำว่าการศึกษาสูงนั้นไม่จำเป็นเลยท่ามกลางคนนอกศาสนาซึ่งอาจจะกล่าวได้ว่าประสบการณ์ต่างหากที่จะเป็นบทเรียนที่จำเป็นที่สุด

ในลิสบอนท่านได้เคยโต้เถียงกับนักบุญอิกญาซีโอแห่งโลโยลาเพื่อนของท่าน เพื่อที่จะให้ส่งคนมาช่วยงานท่านในเอเซีย แม้ว่าพวกเขาจะยังไม่รู้หนังสือมากนักก็ตามนักบุญฟรังซิสเซเวียร์ได้เน้นย้ำความตั้งใจเช่นนี้อีกครั้งในจดหมายฉบับนี้

อย่างไรก็ตาม หลังจากที่ท่านกลับจากหมู่เกาะโมลุกกะท่านก็เปลี่ยนความคิดนี้อย่างสิ้นเชิง อาจเนื่องด้วยความล้มเหลวของ FranciscoMansillas ก็เป็นได้ เมื่อท่านสั่งให้เขาเดินทางไปหมู่เกาะโมลุกกะเขากลับปฏิเสธที่จะไป

เมื่อกลับมาพิจารณาดูเอกสารในปี1552 จะเห็นได้ว่าท่านเปลี่ยนความคิดไป โดยเน้นว่าท่านต้องการ “มากกว่า” คนที่ศรัทธาอย่างเรียบง่ายอย่างเช่นตัวอย่างจดหมายที่ส่งไปยัง Gaspar Barzee ท่านกล่าวว่า

“ขอให้ระวังว่า ท่านจะไม่ได้รับเอาบุคคลที่มีความสามารถน้อยอยุติธรรมและไร้เหตุผล คนอ่อนแอที่ไม่ควรค่า” (มาอยู่ด้วย)

ในเอกสารชิ้นเดียวกันยังกล่าวต่อไปอีกว่า

“อย่ารับเอาคนที่ไร้ความสามารถสำหรับหมู่คณะเราโดยเฉพาะอย่างยิ่งคนที่ไม่ได้รับการศึกษา”

และอีกครั้ง

“จงระมัดระวังว่าท่านจะไม่บวชพวกเขาคนใดคนหนึ่งให้เป็นบาทหลวงเพราะคุณพ่ออิกญาซีโอ ได้สั่งห้ามเอาไว้หนักหนาว่าถ้าหากว่าพวกเขาไม่ได้เรียนหนังสือและมีประสบการณ์การทำงานหลายปี(เขาก็ไม่มีสิทธิ์จะบวช)”

ในสมัยนั้นมีข่าวลือนินทาเต็มไปหมด เกี่ยวกับบรรดาบาทหลวงที่ไม่มีการศึกษาหรือมีความสามารถไม่พอ ดังนั้นท่านจึงกำชับนักหนาว่า คนที่จะบวชได้จะต้องได้รับการเล่าเรียนที่เพียงพอฟรังซิสยังได้กำชับอีกว่า ในหมู่คณะของท่าน ควรจะมีคนจำนวนเพียงเล็กน้อยแต่ต้องมีประสิทธิภาพดีกว่ามีคนจำนวนมากแต่ไร้ประสิทธิภาพและความสามารถ

ท่านยังย้ำต่อไปว่าอย่าบวชคนที่ไม่มีความรู้เข้ามาอยู่ในคณะเยซูอิต ประสบการณ์ของท่านในภาคเอเชียนั้นทำให้ท่านคิดว่า คนที่ดีพอนั้นหายากเสียเหลือเกิน

อีกประโยคนึงในจดหมายของท่านที่กล่าวว่าการไม่รู้จักภาษาพื้นเมืองนั้นเป็นอุปสรรคใหญ่หลวง ทำลายความเชื่ออย่างผิด ๆของนักเขียนบางคนที่กล่าวว่า นักบุญฟรังซิสเซเวียร์มีพระพรทางด้านการพูดภาษาต่างๆและบางคนยังกล่าวอีกว่า ท่านไม่เคยมีอุปสรรคเลยในการเรียนรู้ภาษาพื้นเมือง

หลังจากที่นักบุญฟรังซิสเซเวียร์อยู่ที่เมืองมะละกาได้1 เดือน ท่านก็ได้เขียนจดหมายไปหาเพื่อนที่เมืองกัวประเทศอินเดีย เกี่ยวกับการทำงานของท่านที่มะละกาในหมู่ชาวโปรตุเกสและพวกครึ่งชาติ

“ข้าพเจ้าไม่ได้ขาดแคลนงานทางฝ่ายจิตวิญญาณเลยทั้งในด้านการเทศน์สอนวันอาทิตย์และวันฉลองอื่น ๆรวมทั้งฟังสารภาพบาปของคนไข้ตามโรงพยาบาลจำนวนมากด้วยข้าพเจ้ายังออกเยี่ยมและอยู่กับคนพื้นเมืองชาติภาษาต่าง ๆข้าพเจ้าออกสอนศาสนาตลอดเวลาให้กับบรรดาเด็ก ๆ ที่เพิ่งจะเปลี่ยนศาสนาเพื่อที่จะให้พวกเขามีศรัทธาและโดยความช่วยเหลือขององค์พระผู้เป็นเจ้าของเราข้าพเจ้าได้สร้างสันติในระหว่างพวกทหารและประชาชนในยามค่ำคืนข้าพเจ้าออกไปเดินทั่วเมืองพร้อมกับสั่นกระดิ่งสวดภาวนาให้กับวิญญาณในไฟชำระ โดยนำเด็ก ๆ จำนวนมากไปด้วยเพื่อที่จะได้สอนหลักข้อเชื่อต่าง ๆ”

บุคคลหนึ่งที่ฟรังซิสเปลี่ยนศาสนาให้เป็นหมอชาวยิว พวกยิวมักจะมาฟังท่านเทศน์และเยาะเย้ยถากถางท่าน รวมทั้งชักชวนให้ชาวยิวอื่นๆ ต่อต้านบรรดามิชชันนารีด้วย แต่ฟรังซิสกลับเข้าไปคุยกับเขาตัวต่อตัวและรับประทานอาหารในบ้านของเขา ต่อมาไม่นานเขาก็เปลี่ยนศาสนาและรักษาความเชื่อไว้จนกระทั่งวันสุดท้ายของชีวิต

การประกาศศาสนาของท่านที่เมืองมะละกาก็คล้ายคลึงกับที่อินเดียคือเข้าไปในย่านของชาวยุโรป ตักเตือนพวกเขาเกี่ยวกับศีลธรรม และผูกมิตรกับชาวบ้านบุคลิกของท่านนั้นร่าเริงอยู่เสมอ เต็มไปด้วยความอดทนและเห็นอกเห็นใจ

บางครั้งบรรดาทหารโยนไพ่ทิ้งในขณะที่ท่านเข้ามาเพื่อเป็นการแสดงความเคารพ แต่ท่านกลับบอกให้พวกเขาเล่นเกมต่อไปท่านกล่าวว่าทหารก็ควรจะประพฤติตัวเหมือนทหาร ไม่จำเป็นจะต้องให้เหมือนกับนักบวช (แต่ก็ไม่จำเป็นที่พวกเขาจะต้องประพฤติตัวเหมือนสัตว์ร้าย)แล้วท่านก็ใช้โอกาสเหล่านี้ในการพูดถึงข่าวดีของพระคริสต์ต่อไป

ในที่สุดแล้วท่านก็ประพฤติตัวเหมือนอย่างทหารเมื่ออยู่กับทหารแล้วเหมือนกับพ่อค้าเมื่ออยู่กับพ่อค้านี่คงจะเป็นพรสวรรค์ของท่านอย่างหนึ่งในการปรับตัวเพื่อช่วยให้การประกาศข่าวดีของพระเป็นเจ้าในหมู่คนบาปเป็นไปได้อย่างราบรื่น

บรรดาลูกเรือที่ท่านโดยสารมาด้วยนั้นเกือบทั้งหมดก็เป็นคนที่แทบจะไม่มีความหวังในชีวิต หรือเป็นคนอับโชคที่มาขอคำปรึกษาจากท่านก็ด้วยเหตุนี้เมื่อนักบุญฟรังซิสเซเวียร์เห็นชีวิตของคนเหล่านั้นก็ได้ออกไปพบพวกเขาบนเรือบ่อย ๆท่านจะคุยกับพวกเขาถึงเรื่องที่เขาชำนาญและแลกเปลี่ยนความคิดเห็นทางศาสนาที่จับอกจับใจซึ่งหลายครั้งท่านก็ต้องหลีกเลี่ยงหัวข้อที่จะรบกวนจิตใจของพวกเขาเกินไป

ลูกเรือคนหนึ่งรู้สึกถึงความสุภาพอ่อนโยนของท่านและได้เปิดใจคุยกับท่าน เล่าว่าเขาทำบาปต่าง ๆมามากมายและมีความปรารถนาที่จะกลับคืนดีกับพระผู้เป็นเจ้าในที่สุดเขาก็บอกกับท่านว่าจะสารภาพบาปให้เร็วที่สุด อย่างไรก็ตามหลังจากนั้นเขาก็หลบหน้านักบุญฟรังซิสเซเวียร์มาตลอด ไม่ยอมสารภาพบาปสักที จนวันหนึ่งมีโอกาสพบกันโดยบังเอิญที่ชายหาดแล้วเขาก็หลบหน้าท่านอีกต่อไปไม่ได้ จึงกล่าวกับท่านว่า

“คุณพ่อครับท่านพร้อมจะฟังสารภาพบาปของผมเมื่อไร”

ฟรังซิสยิ้มแล้วตอบว่า“เพื่อนรัก และเมื่อไหร่ล่ะฉันจะได้รับฟังเธอ”

ทั้งสองจึงเดินไปด้วยกันบนหาดทรายฟรังซิสทำสำคัญมหากางเขน ส่วนเขาก็เริ่มต้นสารภาพบาปแต่การสารภาพของเขาเป็นไปอย่างไม่ราบรื่นนัก และตะกุกตะกัก ฟรังซิสจึงนำเขาไปยังโบสถ์น้อยแห่งหนึ่งใกล้กับชายหาดเขาจึงได้สารภาพบาปที่กระทำมาทั้งหมดด้วยอาการของคนที่เป็นทุกข์ถึงบาปอย่างแท้จริงและในที่สุด ในเวลาต่อมาอีกหลายปี ผู้ชายคนนี้ก็สิ้นใจในศีลในพรของพระเจ้า ในฐานะคนที่กลับใจอย่างสงบสุข

Valignano กล่าวว่ามะละกาเปลี่ยนไปมากหลังจากที่เซเวียร์มาเยือนเขาออกไปเยี่ยมกลุ่มคริสตชนต่าง ๆ ที่ได้รับการเพาะปลูกความเชื่อไว้แล้วให้ได้เห็นด้วยตาของท่านเองวัดทุกอย่างเป็นไปตามสมควร ความผิดอะไรที่ควรแก้ไขกิจกรรมอะไรที่ควรดำเนินต่อไปมิชชันนารีคนไหนหรือแบบไหนที่ควรจะถูกส่งออกไปเผยแพร่ศาสนา