นักบุญหลุยส์แห่งตูลูส (St. Louis of Toulouse) และนักบุญสตีเฟนแห่งฮังการี (St. Stephen of Hungary) จิตรกรรมฝาผนังเป็นฝีมือของโดโน โดนี (Dono Doni) สร้างเมื่อ ค.ศ. 1575 และหน้าต่างประดับกระจกสีโดย ซิโมเน มาร์ทินี
นักบุญแอนโทนีแห่งปาดัว (St. Anthony of Padua) จิตรกรรมฝาผนัง เป็นฝีมือของเชซาเร เซอร์เม (Cesare Sermei) สร้างเมื่อ ค.ศ. 1610
และฉาก การประสูติของพระเยซู (Nativity) โดยช่างที่ไม่ทราบชื่อที่เรียกกันว่า มาสเตอร์แห่งนิโคโล (Maestro di San Nicola) ชั้นล่างสุดเป็นจิตรกรรมฝาผนัง 3 รูปของนักบุญฟรานซิสช่วยเด็กสองคน ที่ตายไปแล้ว บนฉากหลังที่เป็นทิวทัศน์ หน้าคนในภาพแสดงเริ่มแสดงออกถึงอารมณ์ซึ่งเป็นสิ่งใหม่ทางศิลปะของยุคนั้น
บนผนังทางเดินกลางชิมาบูวาดงานที่สำคัญที่สุด พระแม่มารีกับพระบุตรบนบัลลังก์กับนักบุญฟรานซิส (Our Lady enthroned and Saint Francis) ปี ค.ศ. 1280 ซึ่งว่ากันว่าเป็นภาพที่เหมือนนักบุญฟรานซิสตัวจริงมากที่สุด ลักษณะภาพเป็นแบบกอธิค ซึ่งต่างกันมากจากงานของจอตโตตรงที่มีชีวิตจิตใจมากกว่า
ทางขวาของทางเดินกลางเป็นคูหาสวดมนต์เซนต์นิโคลัสแห่งบารี (Chapel of St. Nicolas of Bari) ผู้จ้างอาจจะเป็นนโปลิโอเน ออร์ซินิ (Napoleone Orsini) ผู้เป็นผู้แทนของพระสันตะปาปา