แต่ไม่ว่าเค้าจะใช่ The One หรือไม่นั่นไม่สำคัญ เพราะตอนนี้เค้ารู้สึก
อะไรบางอย่างที่แตกต่างออกไป และเค้าต้องการกลับเข้าไปใน The Matrix
หากมอเฟียสแลกชีวิตของตัวเองกับความเชื่อที่ฝังหัวว่าเค้าคือ The One
เค้าก็อยากจะเชื่อเช่นนั้นเหมือนกัน

นีโอและทรีนิตี้สั่งให้ Tank โหลดพวกเค้ากลับเข้าไป
ในการต่อสู้เพื่อช่วยเหลือมอเฟียส นีโอได้แสดงให้เห็นว่า
เค้าสามารถเอาชนะกฏของ The Matrix
เค้าสามารถที่หลบกระสุนเหมือนกับที่เหล่า Agent สามารถทำได้

นีโอและทรีนิตี้สามารถช่วยเหลือมอเฟียสออกมาจากตึกที่คุมขัง
ระหว่างที่พวกเค้าเดินทางไปยังจุดนัดหมาย ทรีนิตี้มีอะไรบางอย่างที่จะบอก
แต่ Agent Smith ก็โผล่ออกมาขวางการสนทนาไว้เสียก่อน
แทนที่นีโอจะวิ่งหนีเหมือนกับที่ผ่านมา เค้าเลือกที่จะต่อสู้

นีโอแสดงให้เห็นความเร็วที่ทัดเทียมกับเหล่า Agent
แต่ไม่ว่าอย่างไรเค้าก็ไม่มีทางจะกำจัดโปรแกรมของ The Matrix ได้
ทำให้นีโอต้องเลือกที่จะหนีไปยังจุดนัดพบ
ที่นั่น เมื่อเค้าเปิดประตูออก Agent Smith รออยู่และยิงเข้าที่หน้าอก

นีโอหมดลมหายใจบนโลกเสมือน ซึ่งหมายถึงชีวิตจริงก็ได้สิ้นสุดลงเช่นกัน

บนยาน Nebuchadnezzar เงียบสงัด มีเพียงเสียงร่ำร้องของทรีนิตี้
สิ่งที่เธออยากจะบอกก็คือ The Oracle ได้พูดไว้ว่าเธอจะตกหลุมรัก The One
ตอนนี้นีโอได้ตายเสียแล้ว นั่นแปลว่าอะไร คำพยากรณ์นั้นผิดหรือ
น้ำตาของเธอไหลหยดไปบนแก้มของชายคนที่เธอรัก

ทันใดนั้นราวกับปาฏิหารย์ เส้นกราฟชีวิตกลับมาเคลื่อนไหวอีกครั้ง
ใน The Matrix นีโอก็ลุกขึ้นมายืนเช่นกัน เหล่า Agent ประหลาดใจ
และพร้อมใจกันยกปืนและยิงมาที่นีโอ เค้ายกมือห้าม
เพราะสิ่งที่ทำมันไม่มีประโยชน์อะไร เมื่อลูกกระสุนทั้งหมดหยุดลงตรงหน้า

เบื้องหน้าของนีโอ มันไม่ใช่ภาพของมนุษย์ธรรมดาอีกต่อไป
มันกลายเป็นตัวเลข 0 และ 1 แบบข้อมูลทางคอมพิวเตอร์
นีโอมีความสามารถที่เหนือไปกว่าพวก Agent
เค้าจึงสามารถทำลายโปรแกรมอย่าง Agent Smith ลงได้

เค้าเหนือกว่าทุกสิ่งที่ The Matrix เคยสร้างขึ้นมา
เค้าสามารถฉีกกฏฟิสิกส์ทั้งหลายในโลกเสมือนแห่งนี้ได้
เค้าคือบุคคลในตำนาน The One
ที่จะมาปลดปล่อยทุกคนที่ถูกจองจำใน The Matrix

และนั่นคือเรื่องราวทั้งหมดใน The Matrix 1999
แล้วสรุปว่าเนื้อหานั้นคือปรัชญาของการหลุดพ้นตามคำสอนศาสนาพุทธ
หรือว่านี่คือหนังวิทยาศาสตร์ไซไฟธรรมดากันแน่
มันกลายเป็นหัวข้อที่หลายคนถกเถียงยาวนาน

จนถึงการเข้าฉายของ The Matrix : Reloaded ในปี 2003