การรถไฟญี่ปุ่น ถูกแปรรูปจากหน่วยงานของรัฐไปเป็นรัฐวิสาหกิจ Japanese National Railways (Nihon Kokuyū Tetsudō)
หัวรถจักรไอน้ำ เริ่มถูกทดแทนด้วยรถไฟฟ้า โดยระบบรถไฟในญี่ปุ่น จะมีแบบ Electric multiple unit กับ Diesel multiple unit กับ Diesel multiple unit
JR รุ่น 101 รถไฟฟ้าแบบแรกที่ถูกนำมาใช้ทดแทนรถจักรไอน้ำ ในปี พ.ศ.2500
ปี พ.ศ.2507 รถไฟด่วน Shinkansen Serie 0 เริ่มให้บริการ สาย นิว โทไคโด ระหว่างสถานีโตเกียว - ชินโอซาก้า ต้อนรับการแข่งขันกีฬาโอลิมปิก ที่กรุงโตเกียว ซึ่งญี่ปุ่นเป็นเจ้าภาพ โดยงบประมาณที่ใช้ในการก่อสร้าง มาจากการกู้เงินจาก the International Bank for Reconstruction and Development (World Bank)
รัฐบาลญี่ปุ่น ไม่อาจอุ้มกิจการได้อีกต่อไป จึงมีการแปรรูปเป็นบริษัทเอกชนเต็มรูปแบบในปี พ.ศ.2530 โดยใช้ชื่อว่ากลุ่มบริษัท JR Group ซึ่งประกอบด้วยบริษัทย่อยหลายบริษัท ได้แก่
Hokkaido Railway Company (JR Hokkaido) รับผิดชอบเขต ฮอกไกโด
East Japan Railway Company (JR East) รับผิดชอบเขต คันโต โตโฮคุ โคชินเอตสึ
Central Japan Railway Company (JR Central) รับผิดชอบเขต โตไก
West Japan Railway Company (JR West) รับผิดชอบเขต คันไซ และ ชูโกกุ
Shikoku Railway Company (JR Shikoku) รับผิดชอบเขต ชิโกุ
Kyushu Railway Company (JR Kyūshū) รับผิดชอบเขต คิวชู
Japan Freight Railway Company (JR Freight) รับผิดชอบการขนสินค้าทั่วประเทศ
Railway Technical Research Institute (RTRI) ฝ่ายวิจัย
Railway Information Systems (JR System) ฝ่ายข้อมูล
ปัจจุบัน JR Group มีกำไรมากมาย สามารถเลี้ยงตัวเองได้สบายๆ