ความเป็นมาของการตักบาตรด้วยดอกไม้ เชื่อว่ามาจากพุทธตำนานที่กล่าวถึงในสมัยพุทธกาล มีเนื้อหาโดยสังเขปคือ (ประคอง นิมมานเหมินทร์ 2542 : 2255 ; คณะกรรมการฝ่ายประมวลเอกสารและจดหมายเหตุ 2544 : 168-172) พระเจ้าพิมพิสาร กษัตริย์แห่งกรุงราชคฤห์ ทรงโปรดปรานดอกมะลิมาก ในแต่ละวันจะรับสั่งให้นายสุมนะมาลาการ หรือนายมาลาการ นำดอกมะลิมาถวายถึงวันละ 8 กำมือ และต้องสนองพระอัธยาศัยของพระเจ้าพิมพิสารเพียงพระองค์เดียวเท่านั้น ซึ่งนายมาลาการก็ปฏิบัติหน้าที่เป็นอย่างดี พระเจ้าพิมพิสารทรงพอพระราชหฤทัยจึงพระราชทานบำเหน็จรางวัลข้าวของมีค่าแก่นายมาลาการจำนวนมาก

วันหนึ่งขณะที่นายมาลาการกำลังเก็บดอกมะลิ ได้พบเห็นพระพุทธเจ้าเสด็จออกบิณฑบาตพร้อมด้วยภิกษุสงฆ์จำนวนหนึ่ง นายมาลาการสังเกตเห็นฉัพพรรณรังสี (“ฉัพพรรณรังสี” คือสีที่แผ่ออกจากพระวรกายขององค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า มี 6 สี คือ (1) สีนีละ - สีเขียวเหมือนดอกอัญชัน หรือสีน้ำเงิน (2) สีปีตะ – สีเหลืองเหมือนหรดาลทอง (3) สีโรหิตะ – สีแดงเหมือนแสงตะวันอ่อน (4) สีโอทาตะ – สีขาวเงินยวง (5) สีมัญเชฏฐะ – สีแสดเหมือนหงอนไก่ (6) สีประภัสสร - สีเลื่อมพรายเหมือนแก้วผลึก (คือสีทั้ง 5 ข้างต้นรวมกัน)) ฉายประกายรอบพระวรกาย จึงเกิดความเลื่อมใสศรัทธาพระพุทธองค์เป็นอย่างยิ่ง ตัดสินใจจะนำดอกมะลิที่มีไปถวายพระพุทธเจ้า พร้อมกันนั้นก็ตั้งจิตอธิษฐานว่า ข้าวของทุกสิ่งที่พระเจ้าพิมพิสารทรงมอบให้เพียงเพื่อยังชีพในภพนี้เท่านั้น แต่การนำดอกไม้ถวายบูชาแด่พระพุทธองค์สร้างอานิสงส์ทั้งภพนี้และภพหน้า หากถูกประหารชีวิตเพราะไม่ได้ถวายดอกมะลิก็ยินยอม

นายมาลาการจึงได้โปรยดอกมะลิไปยังพระพุทธองค์ 2 กำมือ เกิดอภินิหารดอกมะลิลอยวนอยู่เหนือพระเศียร 3 รอบ แล้วรวมกันเป็นเพดานลอยเป็นแพคุ้มกันแดดแก่พระพุทธองค์ เมื่อโปรยอีก 2 กำมือ ดอกมะลิก็ลอยวน 3 รอบอีก แล้วไปรวมเป็นแพอยู่ทางด้านปฤษฎางค์ นายมาลาการได้โปรยมะลิอีก 2 กำมือ ดอกมะลิก็ลอยวนเวียน 3 รอบ แล้วไปรวมเป็นแพอยู่ทางด้านซ้ายพระหัตถ์ของพระพุทธองค์ แล้วมะลิทั้ง 8 กำมือก็หันขั้วเข้าหาพระวรกายพระพุทธองค์ และหันกลีบออกภายนอก เว้นเป็นช่องไว้ทางด้านหน้าสำหรับพุทธดำเนินเท่านั้น

หลังจากนั้นนายมาลาการได้นำดอกมะลิหว่านโปรยบูชาพระพุทธองค์ เดินตามพระองค์ไป ซึ่งเป็นไปด้วยความปีติ 5 ประการ และได้เข้ายังพุทธรัศมีของพระองค์ จากนั้นจึงได้ก้มลงถวายบังคม ครั้นภรรยานายมาลาการทราบความก็เกรงกลัวว่าจะต้องโทษที่สามีไม่ปฏิบัติตามพระบัญชาของพระเจ้าพิมพิสาร จึงได้หลบหนีออกจากบ้านไป แต่หลังจากที่พระเจ้าพิมพิสารทรงทราบกลับพอพระราชหฤทัยเป็นอย่างยิ่ง ได้ปูนบำเหน็จรางวัลความดีความชอบแก่นายมาลาการ นับแต่นั้นมา ชีวิตของนายมาลาการก็อยู่อย่างมีความสุข เรื่องราวจากพุทธตำนานนี้เองทำให้เกิดการตักบาตรดอกไม้ และ “ประเพณีตักบาตรดอกไม้” เป็นประจำทุกปีในวันเข้าพรรษา จวบจนกระทั่งปัจจุบัน