'Deep Throat'
ออกอากาศ 1 กันยายน ปี 1993
การสืบสวนเกี่ยวกับการหายตัวไปของนักบินทดสอบ ทำให้มัลเดอร์ และสกัลลี่ ต้องมุ่งหน้าสู่ฐานทัพอากาศเอลเลนส์ ในรัฐโฮไฮโอ แล้วพวกเขาก็ค้นพบว่าหน่วยทหารที่นั่นกำลังทดลองเครื่องบินมหัศจรรย์ ซึ่งถูกสร้างด้วยเทคโนโลยีที่ได้จากยานยูเอฟโอที่ยึดมาได้

'Roland'
ออกอากาศ 16 มิถุนายน ปี 1994
ผู้ต้องสงสัยรายเดียวในคดีฆาตกรรม 2 สมาชิกในทีมค้นคว้าเรื่องแรงขับเคลื่อนคือ ภารโรงผู้พิการทางสมอง มัลเดอร์ และสกัลลี่จึงถูกเรียกให้มาสืบสวน และได้ค้นพบความเกี่ยวข้องระหว่างภารโรง และนักวิทยาศาสตร์คนหนึ่งผู้ซึ่งถูกดองสมองไว้

'Little Green Men'
ออกอากาศ 16 กันยายน ปี 1994
หลังจากที่แผนก X-Files ปิดตัวลง มัลเดอร์เชื่อว่ายังมีบางอย่างถูกปกปิดไว้ และเมื่อได้รับข้อมูลจากเพื่อนเก่า ทำให้มัลเดอร์ จึงต้องไปค้นหาความจริง ณ บริเวณรกร้างแห่งหนึ่งในปัวโตริโก ขณะเดียวกันสกัลลี่ก็พยายามหาตัวมัลเดอร์ ให้เจอก่อนที่ศัตรูของเขาในรัฐบาลจะพบ

'One Breath'
ออกอากาศ 11 พฤศจิกายน ปี 1994
สกัลลี่ปรากฏตัวขึ้นอย่างลึกลับที่โรงพยาบาลในวอชิงตัน ดี.ซี. ในสภาพอาการสาหัสจนต้องใช้อุปกรณ์ช่วยชีวิต ในขณะเดียวกันด้วยความผิดหวังที่ไม่สามารถช่วยเหลือสกัลลี่ มัลเดอร์จึงพยายามอย่างหนักเพื่อหาตัวผู้ที่ลักพาตัวสกัลลี่มาลงโทษให้ได้

'Firewalker'
ออกอากาศ 18 พฤศจิกายน ปี 1994
ความผิดพลาดของหุ่นยนต์ ที่ใช้ในการค้นคว้าเกี่ยวกับการระเบิดของภูเขาไฟ ทำให้พบว่ามีสิ่งมีชีวิตบางอย่างอาศัยอยู่ภายในถ้ำที่สำรวจอยู่ และเจ้าสิ่งมีชีวิตนี่เองที่ดูเหมือนว่าจะเป็นสาเหตุการตายของสมาชิกในทีมสำรวจ มัลเดอร์ และสกัลลี่จึงต้องรีบมาสืบสวน ก่อนที่จะมีใครตายมากไปกว่านี้

'Excelsius DEI'
ออกอากาศ 16 ธันวาคม ปี 1994
คดีล่าสุดของมัลเดอร์ และสกัลลี่ เริ่มต้นด้วยการข่มขืน และทำร้ายร่างกายนางพยาบาลคนหนึ่งในสถานพักฟื้น รัฐแมสซาชูเสตส์ แต่สิ่งที่ทำให้คดีนี้เป็นคดี X-Files ก็คือเธอยืนยันว่าผู้ที่ทำร้ายเธอเป็นมนุษย์ล่องหน และเมื่อมัลเดอร์และสกัลลี่มาถึงก็พบว่าอาการของผู้ป่วยบางคนดีขึ้นอย่างผิดสังเกตุ ในขณะที่เจ้าหน้าที่กลับตายไปทีละคน

'Aubrey'
ออกอากาศ 6 มกราคม ปี 1995
ตำรวจหญิงคนหนึ่งขุดพบศพของเจ้าหน้าที่เอฟบีไอ ผู้ซึ่งเคยสืบสวนคดีฆาตกรรมต่อเนื่องคดีหนึ่งเมื่อเกือบ 50 ปีก่อน เมื่อฆาตกรต่อเนื่องได้เริ่มลงมืออีกครั้ง มัลเดอร์และสกัลลี่ต้องร่วมมือกับตำรวจหญิงคนนั้นเพื่อค้นหาตัวฆาตกร

'Soft Light'
ออกอากาศ 5 พฤษภาคม ปี 1995
อดีตลูกศิษย์ ของสกัลลี่ ขอร้องให้มัลเดอร์ และสกัลลี่ช่วยในการสวบสวนคดีแรกของเธอซึ่งเกี่ยวกับกลุ่มคนที่หายตัวไปอย่างลึกลับ มัลเดอร์ ชื่อว่าคนเหล่านั้นถูกความร้อนที่เกิดขึ้นเองภายในร่างกายเผาผลาญ แต่ก็ต้องคิดใหม่เมื่อพวกเขาพบกับชายคนหนึ่งซึ่งกลัวเงาของตัวเอง

ตัวอ่อนของสิ่งมีชีวิตต่างดาวปรากฎครั้งแรกในตอนสุดท้ายของซีซั่นแรก 'The Erlenmeyer Flask' ในภาพนี้จะเป็นตัวอ่อนของมนุษย์ต่างดาวสามตัว ถูกดองอยู่ในโหล ซึ่งแม้ว่า The X-Files จะไม่ใช่รายการเน้นโชว์สัตว์ประหลาด แต่เราก็มักจะเห็นภาพของสิ่งมีชีวิตนอกโลก และตัวประหลาดอยู่เสมอๆ

มือประหลาดที่มี 4 นิ้วนี้คือ 'Salamander Hand' เป็นถุงมือที่ทำจากยาง ซึ่งใส่โดย นักแสดง 'อลัน บอยซ์' ใช้ในตอนที่ชื่อ 'Young at Heart'
'เดวิด ดูชอฟนี่' ผู้แสดงเป็น มัลเดอร์ กล่าวว่า "The X-Files เป็นเรื่องผสมผสานกันระหว่างเรื่องจริงกับเรื่องที่สมมุติขึ้น เป็นเรื่องที่วิทยาศาสตร์และนวนิยายมาอยู่ด้วยกัน"