ในปี ค.ศ. 1478 พวกชาวคริสต์รุ่นเก่าได้โน้มน้าวให้พระเจ้าเฟอร์ดินานด์และพระราชินีอิซาเบลลาตั้งศาลศาสนาขึ้นเพื่อไต่สวนชาวยิวและมุสลิมที่เปลี่ยนศาสนา รวมทั้งผู้ที่ต้องสงสัยว่าจะมีความคิดนอกรีตทั้งมวล โดยในตอนแรก ศาลศาสนามีอำนาจเหนือดินแดนคาสตีล อารากอน วาเลนเซีย และ คาตาโลเนียเท่านั้น
หัวหน้าผู้พิพากษาจอมอำมหิตคนแรก คือ โทมัส เดตอร์เกมาดา ในเวลาต่อมาศาลนี้ก็มีอำนาจครอบคลุมไปถึงอาณานิคมสเปนในเม็กซิโกและเปรูด้วย
คณะผู้พิพากษาของศาลศาสนาไม่เพียงไต่สวนผู้ต้องสงสัยว่าเป้นพวกนอกรีตเท่านั้น แต่ยังรวมถึงผู้มัวเมาในไสยศาสตร์ พวกรักร่วมเพศ พวกขูดรีดดอกเบี้ย และผู้ก่ออาชญากรรมต่างๆ ตอร์เกมาดา ได้สั่งให้ทรมานนักโทษเพื่อให้ยอมรับสารภาพ จากนั้นผู้พิพากษาจะประกาศโทษทัณฑ์ เช่น การเฆี่ยนตี หรือ การเผาทั้งเป็นต่อหน้าสาธารณชน ในพิธีที่มีชื่อว่า ออโตดาเฟ (auto da fe)
เฉพาะในสมัยของตอร์เกมาดา มีผู้ต้องสงสัยว่าเป็นพวกนอกรีต ถูกเผาทั้งเป็นถึง 2,000 คน นอกจากนี้หัวหน้าผู้พิพากษาผู้นี้ ยังมีส่วนผลักดันให้พระเจ้าเฟอร์ดินานต์และพระราชินีอิซาเบลลาทรงขับไล่ชาวยิวกว่า 160,000 คน ออกจากสเปนในปี ค.ศ. 1492 (โดยไม่ให้นำสมบัติติดตัวไปด้วย) ศาลศาสนามีบทบาทในสเปนและอาณานิคมยาวนานกว่า 300 ปี ก่อนจะถูกยุบไปใน ปี ค.ศ.1834