กลับมาผจญภัยต่อในเรื่องราวทางวิทยาศาสตร์สุดแหวกแนว กับผู้ชายที่ไม่เคยพูดสักคำ และมีอาวุธป้องกันตัวที่เป็นสัญลักษณะนั้นคือ ชะแลง ชื่อ Doctor Gordon Freeman
จากเดิมที่ Valve Corp. ต้องการจะทำให้เนื้่อเรื่องของ Half Life 2 นั้นต่อเนื่องในแบบที่แบ่งเป็น Episode หรือ เป็นตอนๆนั้นเอง ความเดิมตอนที่แล้วนั้น จากที่ Gordon ได้สามารถหนีจากเมือง City 17 ใน (Episode 1) ซึ่งเป็นที่ตั้งของอาคารสูงเสียดฟ้า หลังจากที่ Gordon กับ Alex ได้ช่วยกันหนีออกจ่ากเมืองได้สำเร็จ บัดนี้พลังงานในนั้นยังไม่หมด ทำให้ก่อเกิดปัญหาระเบิดต่อเนื่อง (Portal Storm) ผู้เล่นจึงต้องช่วย Gordon โดยมีผู้ร่วมทาง Alex ไปหา Dr Eli และ พ่อของ Alex เพื่อยับยั่งการระเบิดนี้
เมื่อเริ่มต้นนั้น Gordon จะติดค้างอยู่ในรถไฟ ส่วนฉากแรกนี้จะเป็นการฝึกผู้เล่นทั้งผู้เล่นหน้าเก่าและหน้าใหม่ ให้คุ้นและเคยชินกับการควบคุมของเกม พร้อมกับพบปะคู่ร่วมเดินทาง นั้นคือ Alex และเริ่มต้นก็ยังได้ Gravity Gun คืนเหมือนเดิม
แต่การเดินทางครั้งนี้ไม่ได้ราบลื่นเสมอไป เมื่อมีฉากที่ Alex ต้องป่วนหนัก โดยกลุ่มพวก Combine และ Gordon เองจะต้องช่วยเธอการช่วย Alex โดยมีเหล่าเพื่อนต่างดาว Vortigant ช่วยเหลือ
System Designated Corperation DM Gaia Elements (EECTRL) DM Elemental Control (DMEECTRL) DM Virtual Master System (DMVMSYS 1-3) DM Visual Manager System (DMVMSYS 4-5)