ฮาโกดาเตะตั้งอยู่บนคาบสมุทรโอชิมา   มียอดเขาฮาโกดาเตะสูงประมาณ 334 เมตรเป็นจุดสูงที่สุด รูปร่างของเมืองอยู่นอกเหนือรูปร่างพัดของเกาะฮอกไกโด และตรงข้ามเมืองทสึการุ ในอาโอโมริ เกาะฮอนชู ฮาโกดาเตะล้อมรอบด้วยทะเล มีหิมะตกเบาบาง เนื่องมาจาอิทธิพลทางภูมิอากาศแบบทะเล โดยมีกระแสน้ำอุ่นทสึชิมา ทำให้เมืองไม่หนาวอย่างเมืองอื่นๆ ในเกาะ
เมืองฮาโกดาเตะ ตั้งอยู่ทางภาคใต้ของเกาะฮอกไกโด ประกอบไปด้วยสภาพอากาศเย็นสบาย ไม่ร้อนหรือหนาวเกินไป มีธรรมชาติที่สวยงาม และกำลังพัฒนาสู่การเป็นศูนย์กลางทางเศรษฐกิจ วัฒนธรรมในภาคใต้ของเกาะฮอกไกโด ฮาโกดาเตะเป็นท่าเรือนานาชาติแห่งแรกของญี่ปุ่น และได้ติดต่อแลกเปลี่ยนวัฒนธรรมต่างชาติหลากหลาย ซึ่งยังคงหลงเหลืออิทธิพลอยู่ในปัจจุบันตามถนนในเมือง และพื้นที่แบบโซนยุโรป พื้นที่เหล่านี้ รวมไปถึงทิวทัศน์ยามค่ำคืนเมื่อมองจากยอดเขาฮาโกดาเตะ อาหารทะเลที่สดใหม่หลากหลายชนิด และน้ำพุร้อนเป็นเพียงส่วนหนึ่งที่ดึงดูดนักท่องเที่ยวกว่าปีละห้าล้านคน

เมืองฮาโกดาเตะเกิดจากการรวมเมืองที่เคยปกครองตนเองทั้งสิ้น 4 เมืองเมื่อเดือนธันวาคมปี 2004 และกลายเป็นเมืองนานาชาติชั้นนำทางการเดินทะเล และในเดือนพฤษภาคมปี 2005 นั้นได้มีการสร้างรถไฟชินคันเซ็นสายฮอกไกโด เชื่อมสายชินอาโอโมริกับสายชินฮาโกดาเตะ ในเดือนมิถุนายนปี 2006 ได้เปิดให้บริการเที่ยวบินปกติจากฮาโกดาเตะสู่กรุงโซล ประเทศเกาหลีใต้