แม้ The One จะเลือกที่ไปช่วยคนรัก ไม่ยอมที่จะ Reset ระบบ แต่ด้วยการทำลาย Agent Smith โดยไม่ผ่านระบบปฏิบัติการของ The Matrix ทำให้เศษโปรแกรมที่กระจัดกระจายไปเหล่านั้นกลายเป็นไวรัสที่กำจัดไม่ได้
ข้อเสนอสุดท้ายของนีโอก็คือ
หยุดยั้งการทำลาย Zion แลกกับการกำจัด Agent Smith ให้เครื่องจักร และนั่นคือฉากอวสานของมหากาพย์แห่ง The Matrix : Revolutions
แม้ว่านิโอจะตายไปและเครื่องจักรจะยอมถอนตัวจากการทำลาย Zion แต่อีกไม่นาน เรื่องราวของเค้าก็จะจางหายไป กลายเป็นตำนาน ที่เล่าขานต่อๆ กันไป และแล้วเมื่อนั้นวัฏจักรแห่ง The One