เป็นสถาบันของศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกที่เริ่มปรากฏขึ้นตั้งแต่ ปี ค.ศ. 1231 ในสมัยของพระสันตะปาปาเกรกอรี่ที่ 9 แต่ได้เปลี่ยนมาเป็นสัญลักษณ์แห่งความน่าสะพรึงกลัวและการทรมานในยุคที่สเปนเรืองอำนาจ ทั้งนี้ ศาลศาสนาของสเปนนั้นมีรากฐานมาจากกระแสต่อต้านชาวยิวและอาหรับที่แพร่หลายในศตวรรษที่ 15 โดยก่อนหน้าที่สเปนจะรวมชาตินั้น ได้มีชาวยิวจำนวนมากหันมานับถือศาสนาคริสต์ คนเหล่านี้ได้กลายเป็นผู้มั่งคั่งและทรงอิทธิพลในสังคม จนทำให้ชาวคริสต์รุ่นเก่าเกิดความอิจฉา ผู้ที่เปลี่ยนศาสนา หรือ พวกมาร์ราโน (Marrano) เหล่านี้

ในปี ค.ศ. 1478 พวกชาวคริสต์รุ่นเก่าได้โน้มน้าวให้พระเจ้าเฟอร์ดินานด์และพระราชินีอิซาเบลลาตั้งศาลศาสนาขึ้นเพื่อไต่สวนชาวยิวและมุสลิมที่เปลี่ยนศาสนา รวมทั้งผู้ที่ต้องสงสัยว่าจะมีความคิดนอกรีตทั้งมวล โดยในตอนแรก ศาลศาสนามีอำนาจเหนือดินแดนคาสตีล อารากอน วาเลนเซีย และ คาตาโลเนียเท่านั้น

หัวหน้าผู้พิพากษาจอมอำมหิตคนแรก คือ โทมัส เดตอร์เกมาดา ในเวลาต่อมาศาลนี้ก็มีอำนาจครอบคลุมไปถึงอาณานิคมสเปนในเม็กซิโกและเปรูด้วย

คณะผู้พิพากษาของศาลศาสนาไม่เพียงไต่สวนผู้ต้องสงสัยว่าเป้นพวกนอกรีตเท่านั้น แต่ยังรวมถึงผู้มัวเมาในไสยศาสตร์ พวกรักร่วมเพศ พวกขูดรีดดอกเบี้ย และผู้ก่ออาชญากรรมต่างๆ ตอร์เกมาดา ได้สั่งให้ทรมานนักโทษเพื่อให้ยอมรับสารภาพ จากนั้นผู้พิพากษาจะประกาศโทษทัณฑ์ เช่น การเฆี่ยนตี หรือ การเผาทั้งเป็นต่อหน้าสาธารณชน ในพิธีที่มีชื่อว่า ออโตดาเฟ (auto – da – fe)

เฉพาะในสมัยของตอร์เกมาดา มีผู้ต้องสงสัยว่าเป็นพวกนอกรีต ถูกเผาทั้งเป็นถึง 2,000 คน นอกจากนี้หัวหน้าผู้พิพากษาผู้นี้ ยังมีส่วนผลักดันให้พระเจ้าเฟอร์ดินานต์และพระราชินีอิซาเบลลาทรงขับไล่ชาวยิวกว่า 160,000 คน ออกจากสเปนในปี ค.ศ. 1492 (โดยไม่ให้นำสมบัติติดตัวไปด้วย) ศาลศาสนามีบทบาทในสเปนและอาณานิคมยาวนานกว่า 300 ปี ก่อนจะถูกยุบไปใน ปี ค.ศ.1834