กลิ่นของปัสสาวะที่ต่างไปจากนี้อาจเกิดจากโรคต่างๆได้ ได้แก่
-กลิ่นหวานเหมือนผลไม้ เกิดจากโรคเบาหวาน
-กลิ่นเหม็นอับ เกิดจากโรคตับเรื้อรัง เช่น โรคตับแข็ง
-กลิ่นเหม็นเน่า เกิดจากการติดเชื้อของระบบทางเดินปัสสาวะ
-กลิ่นอุจจาระ เกิดจากมีรูทะลุระหว่างลำไส้ใหญ่ และทางเดินปัสสาวะ
-กลิ่นเหมือนน้ำตาลไหม้ เกิดจากโรคทางพันธุกรรมที่มีความผิดปกติในการสันดาปโปร ตีน/กรดอะมีโน (Amino acid) บางชนิด เรียกว่า โรค Marple syrup urine disease (พบได้น้อยมากๆ)
-กลิ่นน้ำนมแมวมักจะพบในปัสสาวะของคนที่เป็นเบาหวานที่เป็นมากและไม่ได้รักษา
-กลิ่นแอมโมเนียของปัสสาวะใหม่สด แสดงถึงการติดเชื้อในทางเดินปัสสาวะ