มาตรฐานอินทรีย์ต้องมีการหมุนเวียนของพืชผลประจำปีซึ่งหมายความว่าการเพาะปลูกเดี่ยวไม่สามารถปลูกได้ในที่เดียวกันโดยไม่มีการปลูกพืชที่แทรกแซง การเพาะปลูกพืชเกษตรอินทรีย์มักประกอบด้วยพืชปกคลุมด้วยวัชพืชและพืชที่มีวัฏจักรชีวิตที่ไม่เหมือนกันเพื่อไม่ให้วัชพืชที่เกี่ยวข้องกับพืชชนิดใดชนิดหนึ่ง
การวิจัยกำลังพัฒนาวิธีการอินทรีย์เพื่อส่งเสริมการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ตามธรรมชาติซึ่งสามารถยับยั้งการเจริญเติบโตหรือการงอกของวัชพืชได้
การเพาะปลูกทางวัฒนธรรมอื่น ๆ ที่ใช้เพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันของพืชและลดความกดดันจากวัชพืชรวมถึงการคัดเลือกพันธุ์พืชที่มีการแข่งขันสูงการเพาะปลูกที่มีความหนาแน่นสูงระยะห่างของเนื้อที่แคบ ๆ และการเพาะลงไปในดินอุ่นเพื่อกระตุ้นการงอกของพืชอย่างรวดเร็ว
การควบคุมวัชพืชแบบเครื่องกลและทางกายภาพที่ใช้ในฟาร์มอินทรีย์สามารถแบ่งออกได้เป็น:
การไถพรวน - การเปลี่ยนดินระหว่างพืชเพื่อรวมเศษซากพืชและการปรับปรุงดิน กำจัดวัชพืชที่มีอยู่และเตรียมเพาะกล้าเพาะปลูก เปลี่ยนดินหลังเพาะเมล็ดเพื่อฆ่าวัชพืชรวมถึงการเพาะปลูกพืชแถว
การตัดหญ้าและการตัด - การกำจัดการเจริญเติบโตด้านบนของวัชพืช
การกำจัดวัชพืชเปลวไฟและการกำจัดวัชพืชด้วยความร้อน - การใช้ความร้อนเพื่อฆ่าวัชพืช และ
คลุมดิน - ปิดกั้นวัชพืชด้วยสารอินทรีย์ฟิล์มพลาสติกหรือผ้าแนวนอน
นักวิจารณ์บางคนอ้างถึงงานที่ตีพิมพ์ในปี 2540 โดย David Pimentel แห่งมหาวิทยาลัย Cornell ซึ่งอธิบายถึงการระบาดของการพังทลายของดินทั่วโลกทำให้เกิดความกังวลว่าการไถพรวนจะส่งผลต่อการระบาดของการพังทลาย
องค์การอาหารและเกษตรแห่งสหประชาชาติ (FAO) และหน่วยงานอื่น ๆ ได้สนับสนุนแนวทางการปลูกพืชแบบไม่ต่อเนื่อง (no-till) ทั้งแบบปกติและแบบเกษตรอินทรีย์และชี้ให้เห็นว่าเทคนิคการหมุนเวียนพืชที่ใช้ในการทำเกษตรอินทรีย์เป็นแนวทางที่ดีเยี่ยม การศึกษาที่ตีพิมพ์ในปีพ. ศ. 2548 โดย Pimentel และเพื่อนร่วมงานยืนยันว่า "การหมุนเวียนของพืชและการครอบตัด (ปุ๋ยมูลฝอย) ของเกษตรอินทรีย์ช่วยลดการพังทลายของดินปัญหาศัตรูพืชและการใช้สารกำจัดศัตรูพืช"
สารเคมีที่มาจากธรรมชาติบางชนิดได้รับอนุญาตให้ใช้กับสารเคมีกำจัดวัชพืช เหล่านี้รวมถึงสูตรบางอย่างของกรดอะซิติก (น้ำส้มสายชูเข้มข้น), กลูเตนข้าวโพดและน้ำมันหอมระเหย ยังมีการพัฒนา bioherbicides ที่คัดเลือกมาจากเชื้อโรคเชื้อรา ในเวลานี้อย่างไรก็ตามสารเคมีกำจัดวัชพืชและสารชีวภาพปราบศัตรูพืชมีบทบาทเล็กน้อยในกล่องเครื่องมือควบคุมวัชพืชอินทรีย์
วัชพืชสามารถควบคุมได้โดยการเลี้ยงปศุสัตว์ ยกตัวอย่างเช่นห่านถูกนำมาใช้อย่างประสบความสำเร็จในการขจัดวัชพืชหลายชนิดเช่นผ้าฝ้ายสตรอเบอร์รี่ยาสูบและข้าวโพดฟื้นฟูแนวทางปฏิบัติในการรักษาฝ้ายที่มีอยู่ในภาคใต้ของสหรัฐอเมริกาก่อนปีพ. ศ. ในทำนองเดียวกันเกษตรกรบางคนแนะนำให้เป็ดและปลาไปยังนาข้าวเปียกเพื่อกินวัชพืชและแมลง
การควบคุมสิ่งมีชีวิตอื่น
สิ่งมีชีวิตนอกเหนือจากวัชพืชที่ก่อให้เกิดปัญหาในฟาร์มอินทรีย์ ได้แก่ รพกอง (เช่นแมลงไรฝุ่น) ไส้เดือนฝอยราและแบคทีเรีย การปฏิบัติที่เป็นประโยชน์รวมถึง แต่ไม่ จำกัด เฉพาะ:
การสนับสนุนแมลงที่เป็นประโยชน์ในการควบคุมแมลงโดยการให้บริการแก่เด็กก่อนวัยและ / หรือที่อยู่อาศัยอื่น ๆ โดยปกติจะอยู่ในรูปแบบของธนาคารที่อาศัยอยู่ในบริเวณที่กำบัง
ส่งเสริมจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์
การหมุนเวียนพืชไปยังสถานที่ต่าง ๆ ในแต่ละปีเพื่อขัดจังหวะการทำซ้ำของพืช
ปลูกพืชสหายและพืชกำจัดแมลงศัตรูที่กีดกันหรือโอนสายพันธุ์
ใช้แถวคลุมเพื่อป้องกันพืชในช่วงระยะเวลาการอพยพย้ายถิ่น
การใช้สารกำจัดศัตรูพืชและสารเคมีกำจัดวัชพืช
ใช้เมล็ดพันธุ์เก่าที่งอกและทำลายวัชพืชก่อนปลูก;
การใช้สุขาภิบาลเพื่อกำจัดที่อยู่อาศัยของสัตว์รบกวน
ใช้แมลงดักเพื่อเฝ้าติดตามและควบคุมประชากรแมลง และ
ใช้อุปสรรคทางกายภาพเช่นผ้าห่ม
ตัวอย่างของแมลงที่กินสัตว์อื่น ได้แก่ แมลงปีกแข็งขนาดเล็กข้อบกพร่องของตาขนาดใหญ่และเต่าทองน้อย (ซึ่งมักจะบินหนีไป) ซึ่งทั้งหมดกินศัตรูพืชที่หลากหลาย
Lacewings ยังมีประสิทธิภาพ แต่มีแนวโน้มที่จะบินหนีไป ตั๊กแตนตำข้าวมีแนวโน้มที่จะเคลื่อนตัวช้าลงและกินอาหารน้อยลง ตัวต่อ Parasitoid มีแนวโน้มที่จะมีประสิทธิภาพในการเลือกเหยื่อของพวกเขา แต่เช่นแมลงขนาดเล็กทั้งหมดจะมีประสิทธิภาพน้อยกลางแจ้งเพราะลมควบคุมการเคลื่อนไหวของพวกเขา ไรเดอร์มีประสิทธิภาพในการควบคุมไรอื่น ๆ
สารสกัดจากธรรมชาติที่ได้รับอนุญาตให้ใช้ในฟาร์มอินทรีย์ ได้แก่ Bacillus thuringiensis (สารพิษจากแบคทีเรีย), pyrethrum (สารสกัดดอกเบญจมาศ), spinosad (แบคทีเรีย metabolite), สะเดา (สารสกัดจากต้นไม้) และ rotenone (สารสกัดจากรากพืชตระกูลถั่ว) เกษตรกรอินทรีย์ใช้สารกำจัดศัตรูพืชน้อยกว่า 10% เป็นประจำ การสำรวจหนึ่งพบว่ามีเพียง 5.3% ของผู้ปลูกผักในแคลิฟอร์เนียใช้ rotenone ในขณะที่ใช้ pyrethrum 1.7% สารกำจัดศัตรูพืชเหล่านี้ไม่ปลอดภัยหรือเป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อมมากกว่าสารกำจัดศัตรูพืชสังเคราะห์และอาจเป็นอันตรายได้ เกณฑ์หลักสำหรับสารกำจัดศัตรูพืชอินทรีย์คือว่าพวกเขาได้รับตามธรรมชาติและบางสารที่ได้มาตามธรรมชาติได้รับการโต้เถียง
สารกำจัดศัตรูพืชที่เป็นที่ถกเถียงกันอยู่ทั่วไป ได้แก่ rotenone ทองแดงนิโคตินซัลเฟตและ pyrethrums Rotenone และ pyrethrum เป็นข้อถกเถียงโดยเฉพาะเนื่องจากทำงานโดยการโจมตีระบบประสาทเช่นยาฆ่าแมลงทั่วไป Rotenone เป็นพิษอย่างมากต่อปลา และสามารถทำให้เกิดอาการคล้ายกับโรคพาร์คินสันในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม แม้ว่า pyrethrum (pyrethrins ธรรมชาติ) จะมีประสิทธิภาพมากขึ้นเมื่อเทียบกับแมลงเมื่อใช้กับ piperonyl butoxide (ซึ่งช่วยชะลอการย่อยสลาย pyrethrins) มาตรฐานอินทรีย์โดยทั่วไปไม่อนุญาตให้ใช้สารเมื่อภายหลัง