วัดมเหยงคณ์ตั้งอยู่ที่ตำบลหันตรา อำ เภอพระนครศรีอยุธยา แต่เดิมเป็นอาณาบริเวณของวัดที่สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 หรือเจ้าสามพระยาได้ทรงสร้างไว้เมื่อปี พ.ศ. 1981 ต่อมากลายเป็นวัดร้างมีสภาพเสื่อมโทรมลงเป็นอันมาก กรมศิลปากรได้ขึ้นบัญชีไว้ เป็นโบราณสถานแห่งชาติ และเป็นมรดกโลกที่ล้ำค่าอีกแห่ งหนึ่ง วัดนี้ได้รับการปฏิสังขรณ์ครั้งแรกในสมัยพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระ พ.ศ.2252 ระหว่างนั้นทรงโปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระตำหนักขึ้น นอกกำแพงวัดเพื่อประทับทอดพระนคร การปฏิสังขรณ์ ซึ่งกินเวลานานถึง 3 ปีเศษ เมื่อเสร็จสมบูรณ์แล้วโปรดเกล้าฯ ให้มีการเฉลิมฉลอง เป็น การใหญ่ถึง 7 วัน ตามพงศาวดารกล่าวถึงวัดนี้ไว้ว่า เมื่อครั้งเสียกรุงศรีอยุธยาเมื่อ พ.ศ. 2112 พระเจ้ากรุงหงสาวดี ได้ตั้งทัพหลวงบัญชาการอยู่ ณ วัดมเหยงค์ แห่งนี้ ระยะเวลาปิดล้อม กรุงศรีอยุธยานานถึง 9 เดือน
ด้วยปณิธานอันแน่วแน่ของท่านพระครูเกษมธรรมทัต (สุรศักดิ์ เขมรํสี) ที่มุ่งหวังจะมีส่วนช่วยเผยแผ่พระพุทธศาสนา ผสมผสานกับแรงศรัทธาของญาติโยมพุทธบริษัททั้งหลาย จึงทำให้บริเวณโดยรอบโบราณสถานวัดมเหยงคณ์ ที่เคยเป็นป่าเปลี่ยว รกร้างมานา น ได้กลับกลายเป็นสำนักปฏิบัติกรรมฐานที่สงบร่มรื่นในระยะเวลาไม่กี่ปี จนในปัจจุบันมีผู้เลื่อมใสศรัทธาเข้ามาบำเพ็ญทาน รักษาศีล และปฏิบัติสมาธิภา