แม้จะมีความก้าวหน้าในการควบคุมโรคมาลาเรีย แต่ยังมีความท้าทายหลายประการที่ต้องเผชิญ เช่น

• การดื้อยาของเชื้อโรค: เชื้อมาลาเรียบางสายพันธุ์มีการดื้อยาที่ใช้รักษา ทำให้การรักษาเป็นไปได้ยากขึ้น
• การเข้าถึงบริการสุขภาพ: ในหลายพื้นที่ การเข้าถึงบริการสุขภาพยังคงเป็นปัญหา โดยเฉพาะในชุมชนที่ห่างไกลและยากจน
• การขาดแคลนทรัพยากร: การดำเนินโครงการควบคุมโรคมาลาเรียต้องการทรัพยากรทางการเงินและบุคลากรจำนวนมาก ซึ่งยังคงเป็นข้อจำกัดในหลายประเทศ