แต่ในขณะเดียวกันเสาหลักที่เหลืออีกสองเสา ซึ่งมีความสำคัญไม่ยิ่งหย่อนกว่ากันกลับถูกมองข้ามหรือให้ความสนใจไม่มากเท่าที่ควร โดยเฉพาะเสาหลักด้านการเมืองและความมั่นคง ซึ่งมีกระทรวงกลาโหมเป็นหน่วยงานรับผิดชอบ มีเครื่องมือหลักคือ "คณะกรรมการดำเนินการเพื่อจัดตั้งประชาคมการเมืองและความมั่นคงอาเซียน" ซึ่งเป็นผู้กำหนดยุทธศาสตร์ของไทย เพื่อเตรียมความพร้อมสำหรับการจัดตั้งประชาคมการเมืองและความมั่นคงอาเซียนในปี พ.ศ.2558
นอกจากนี้ยังมีกลไกสำคัญอีกกลไกหนึ่งคือ "การประชุมรัฐมนตรีกลาโหมอาเซียน" หรือADMM (ASEAN Defense Ministers Meeting) และ "การประชุมรัฐมนตรีกลาโหมอาเซียนกับประเทศคู่เจรจา" หรือ ADMM-Plus ซึ่งมีประเทศสมาชิกประกอบด้วยสมาชิกอาเซียน 10 ประเทศและประเทศคู่เจรจา 8 ประเทศ คือ สหรัฐฯ จีน รัสเซีย ญี่ปุ่น เกาหลีใต้ อินเดีย ออสเตรเลีย และนิวซีแลนด์ ที่ได้มีการกำหนดหัวข้อในความร่วมมือ เพื่อเตรียมการเป็นประชาคมอาเซียนไว้ 5 ด้าน ในการประชุม ADMM-Plus ครั้งแรกที่กรุงฮานอย ประเทศเวียดนาม เมื่อปี พ.ศ.2553 ประกอบด้วย
1. ด้านความมั่นคงทางทะเล (Maritime Security)
2. การปฏิบัติการรักษาสันติภาพ (Peacekeeping Operations)
3. การให้ความช่วยเหลือด้านมนุษยธรรมและการบรรเทาภัยพิบัติ (Humanitarian Assistance and Disaster Relief)
4. การแพทย์ทหาร (Military Medicine) และ
5. การต่อต้านการก่อการร้ายสากล (Counter - Terrorism)
เป็นที่น่าเสียดายว่าเพราะเหตุการณ์ทางการเมืองในประเทศที่ผ่านมา ทำให้ไทยเสียโอกาสในการเป็นประธานร่วมในความร่วมมือดังกล่าวทั้ง 5 ด้าน ปล่อยให้เพื่อนบ้านอย่างเช่น อินโดนีเซีย มาเลเซีย สิงคโปร์ เวียดนาม ฟิลิปปินส์ จับจองเป็นเจ้าภาพร่วมกับประเทศคู่เจรจาไปจนหมด
แต่การสูญเสียโอกาสของไทย ก็ใช่ว่าจะทำให้เราหยุดอยู่กับที่ ในปัจจุบันกระทรวงกลาโหมของไทย กำลังปรับตัวปรับองค์กร ตลอดจนปรับบุคคลากรเพื่อเตรียมความพร้อม ในการก้าวเข้าสู่ความเป็นกลาโหมอาเซียน
ขณะเดียวกันกองทัพก็จะถูกปรับให้เหลือกองทัพเดียวคือ "กองทัพอาเซียน" เหมือนกองทัพสหภาพยุโรปที่กำลังถูกใช้เป็นต้นแบบอยู่ในขณะนี้ คำถามจึงเกิดขึ้นมาว่าภัยด้านความมั่นคงของประชาคมอาเซียนมีอะไรบ้าง แล้วกองทัพอาเซียนจะต้องเตรียมความพร้อมอย่างไรบ้าง เพื่อรับมือกับสิ่งดังกล่าวที่จะเกิดขึ้นในอนาคต
รศ.ดร.สุเนตรชุตินธรานนท์ ผู้อำนวยการสถาบันเอเชียศึกษาจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้กล่าวถึงภัยด้านความมั่นคงของประชาคมอาเซียนในอนาคตมีอยู่สามประการคือ
1. ภัยด้านความมั่นคงของมนุษย์
2. ภัยพิบัติจากธรรมชาติและ
3. การแผ่ขยายอำนาจของประเทศมหาอำนาจนอกภูมิภาค
สิ่งแรกที่ประชาคมอาเซียนจะต้องเผชิญคือ ภัยด้านความมั่นคงของมนุษย์ ทั้งนี้เพราะในปัจจุบันประเทศสมาชิกอาเซียนมีความแตกต่างทางเศรษฐกิจอย่างมาก อาเซียนมีประเทศที่ประชากรมีรายได้สูงติดอันดับโลกอย่าง สิงคโปร์และบรูไน ในขณะเดียวกันก็มีประเทศสมาชิกที่มีประชากรยากจนอย่างมากด้วยเช่นกัน
ความเหลื่อมล้ำทางเศรษฐกิจนี้เอง ที่จะทำให้เกิดการการหลั่งไหลและการเคลื่อนย้ายของประชากรจากประเทศสมาชิกที่ยากจนไปสู่ประเทศสมาชิกที่ร่ำรวย เพื่อแสวงหาชีวิตและโอกาสที่ดีกว่า
การอพยพโยกย้ายถิ่นฐานครั้งใหญ่นี้ จะทำให้เกิดปัญหาความมั่นคงของมนุษย์มากมาย ทั้งปัญหาอาชญากรรมข้ามชาติ ปัญหาการขยายตัวของเครือข่ายก่อการร้ายสากล ปัญหายาเสพติด ปัญหาการก่อกำเนิดของกลุ่มแก็งค์อิทธิพลเหนือชนชาติของตนในดินแดนประเทศอื่น เหมือนเช่นที่เคยเกิดขึ้นในสหภาพยุโรป อันส่งผลให้กลุ่มมาเฟียจากยุโรปตะวันออกเข้าไปแผ่ขยายอิทธิพลในยุโรปตะวันตก หรือกรณีกลุ่ม "โรฮิงยา" (Rohingya) ที่กำลังเป็นปัญหาอยู่ในปัจจุบัน
นอกจากนี้ยังมีปัญหาการค้ามนุษย์ที่สามารถกระทำได้ง่ายขึ้น เมื่อเส้นแบ่งเขตแดนของประเทศสมาชิกอาเซียนได้จางหายไปกับความเป็นประชาคมอาเซียน
ปัญหาด้านสาธารณสุขเป็นภัยด้านความมั่นคงของมนุษย์อีกปัญหาหนึ่ง ที่จะต้องจับตามองเช่นกัน เพราะประชาชนผู้โยกย้ายถิ่นฐานเหล่านี้ จะนำโรคภัยไข้เจ็บนานาชนิดติดตัวไปยังประเทศอื่น รวมไปถึงการก่อมลภาวะทางสาธารณสุขขึ้นในประเทศที่ตนอพยพไปอยู่ อันเนื่องมาจากความยากจนและด้อยการศึกษา
เช่น การกำเนิดสลัมใหม่ๆ ขึ้นในชุมชนเมือง การละเลยสุขภาพ ตลอดจนสุขอนามัย จนอาจก่อให้เกิดโรคระบาดครั้งใหญ่ขึ้นในทศวรรษหน้าได้ เช่น การแพร่ระบาดของไข้หวัดนก ที่อาจกลับมาสู่กลุ่มประเทศอาเซียนอีกครั้ง หากปราศจากความระมัดระวังในการโยกย้ายถิ่นฐาน
นอกจากนี้การรวมตัวของประชาคมอาเซียนยังอาจก่อให้เกิดความไม่เท่าเทียมในหลายๆ ด้าน ซึ่งผลของความไม่เท่าเทียมนี้ จะตกอยู่กับประเทศสมาชิกที่ด้อยโอกาส ตัวอย่างที่เห็นได้ชัดในปัจจุบันคือ กรณีการบริหารน้ำในลุ่มน้ำโขง ซึ่งแต่ละประเทศพยายามแสวงหาประโยชน์ของตนเอง โดยไม่นำพาต่อความเสียหายที่จะเกิดขึ้นกับประเทศสมาชิกอื่น หรือต่อสภาวะสิ่งแวดล้อมของภูมิภาค หรือกรณีการลักลอบตัดไม้พะยูง บริเวณชายแดนไทย-กัมพูชา ที่หากปราศจากการบริหารจัดการที่มีประสิทธิภาพ จะกลายเป็นปัญหาอีกปัญหาหนึ่งของอาเซียนในอนาคต
ปัญหาด้านความมั่นคงอีกปัญหาหนึ่งที่ประชาคมอาเซียนจะต้องเผชิญก็คือ ภัยพิบัติจากธรรมชาติที่เกิดขึ้นบ่อยครั้ง และมีความรุนแรงมากขึ้น
ปัญหานี้เป็นปัญหาเร่งด่วน ที่ประชาคมจะต้องรีบหาแนวทางแก้ไขร่วมกัน เพราะจากสถิติที่ผ่านมา จะเห็นได้ว่าภัยพิบัติทางธรรมชาติที่มีความรุนแรงจำนวนกว่าครึ่งหนึ่งในโลก เกิดขึ้นในภูมิภาคนี้แทบทั้งสิ้น ไม่ว่าจะเป็นเหตุการณ์สึนามิในไทยและอินโดนีเซีย เมื่อปี พ.ศ.2547 พายุไซโคลนนาร์กิสในพม่า การระเบิดของภูเขาไฟ "เมอราปิ" (Merapi) และแผ่นดินไหวในเมืองยอคยาการ์ต้าและบันดุงของอินโดนีเซีย พายุไต้ฝุ่นในเวียดนามและฟิลิปปินส์ น้ำท่วมครั้งใหญ่ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ที่ประเทศไทยได้รับผลกระทบอย่างรุนแรงที่สุดในประวัติศาสตร์
ปัญหาด้านภัยพิบัติทางธรรมชาติ ได้ทำให้กองทัพของแต่ประเทศสมาชิกอาเซียนปรับบทบาท จากการเป็นหน่วยงานที่ทำหน้าที่ในการพิทักษ์รักษาอำนาจอธิปไตย มาสู่ความเป็นองค์กรที่ทำหน้าที่ในการพิทักษ์รักษาชีวิตและทรัพย์สินของประชาชนจากภัยธรรมชาติ
ซึ่งในอนาคตกองทัพอาเซียนจะมีบทบาทอย่างมาก ในการทำหน้าที่ปฏิบัติการด้านบรรเทาสาธารณภัย ซึ่ง ณเวลานี้ กองทัพของกลุ่มประเทศสมาชิกอาเซียนได้้เตรียมการในเรื่องนี้ค่อนข้างมากแล้ว ดังจะเห็นได้จากความร่วมมือด้านต่างๆ เช่น การจัดทำเอกสาร "แนวความคิดว่าด้วยการใช้ทรัพยากรและศักยภาพทางทหารอาเซียน ในการช่วยเหลือด้านมนุษยธรรมและการบรรเทาภัยพิบัติ" ที่กระทรวงกลาโหมอินโดนีเซีย เป็นผู้ยกร่างขึ้นมา รวมไปถึงความร่วมมือในการฝึกร่วมบรรเทาสาธารณภัยมากมาย ที่เกิดขึ้นในห้วงสองสามปีที่ผ่านมา
เช่น การฝึกร่วมบรรเทาสาธารณภัยของกองทัพอาเซียนที่มีสิงคโปร์และอินโดนีเซียเป็นหัวหอก เมื่อเดือนตุลาคมของปี 2554 ที่ผ่านมา ณ ประเทศสิงคโปร์ การฝึกร่วมบรรเทาสาธารณภัยร่วมระหว่างกองทัพไทยและมาเลเซีย ภายใต้รหัส JCEX THAMAL 2011 (Joint Combined Exercise Thailand and Malaysia 2011) และการฝึกร่วมบรรเทาสาธารณภัยไทยกัมพูชาที่กำลังจะมีขึ้น ในปีพ.ศ. 2555 ตามดำริของผู้บัญชาการทหารสูงสุดของไทย
(โปรดติดตามอ่านตอนที่ ๓)