ธงจระเข้นี้ทำขึ้นตามคติความเชื่อเป็นหลายนัยด้วยกัน คือ

๑. สมัยโบราณนิยมแห่ผ้ากฐินไปทอดตามวัดต่าง ๆ โดยอาศัยเรือเป็นสำคัญ การเดินทางไปตามลำน้ำมักมีอันตรายจากสัตว์น้ำต่าง ๆ เนือง ๆ เช่น จระเข้ขึ้นมาหนุนเรือให้ล่ม ขบกัดผู้คนบ้าง คนแต่ก่อนหวั่นเกรงภัยเช่นนี้ จึงคิดอุบายทำธงจระเข้ปักหน้าเรือไปเป็นทำนองประกาศให้สัตว์ร้ายในน้ำ เช่น จระเข้ ซึ่งเป็นสัตว์ใหญ่และดุร้ายกว่าสัตว์อื่นๆ ในน้ำ ให้รับทราบการบุญการกุศล จะได้พลอยอนุโมทนาและมีจิตใจอ่อนลง ไม่คิดที่จะทำอันตรายแก่ผู้คนในขบวนซึ่งเดินทางไปประกอบพิธีการทางศาสนา

๒. เนื่องจากถือกันว่าดาวจระเข้เป็นดาวสำคัญ การเคลื่อนขบวนทัพในสมัยโบราณต้องคอยดูดาวจระเข้ขึ้น ซึ่งเป็นเวลาจวนสว่างแล้ว การทอดกฐินเป็นพิธีทำบุญที่มีอานิสงส์ไพศาลเพราะทำในเวลาจำกัด มีความสำคัญเท่ากับการเคลื่อนขบวนทัพในชั้นเดิมผู้จะไปทอดกฐินต้องเตรียม เครื่องบริขารและผ้าองค์กฐินไว้อย่างพร้อมเพรียง แล้วแห่ไปวัดในเวลาดาวจระเข้ขึ้น ไปแจ้งเอาที่วัด ต่อมาจึงมีผู้คิดทำธงจระเข้โดยถือว่า ดาวจระเข้เป็นดาวบอกเวลาเคลื่อนองค์กฐิน

๓. มีเรื่องเล่าว่า มีอุบาสกคนหนึ่งนำองค์กฐินแห่ไปทางเรือมีจระเข้ตัวหนึ่งอยากได้บุญในการทอด กฐิน จึงว่ายน้ำตามเรืออุบาสกนั้นไปด้วย แต่ไปได้พักหนึ่งจึงบอกแก่อุบาสกนั้นว่า ตนตามไปด้วยไม่ได้แล้วเพราะเหนื่อยอ่อนเต็มที ขอให้อุบาสกจ้างช่างเขียนภาพของตนที่ธง แล้วยกขึ้นไว้ในวัดที่ไปทอดด้วยอุบาสกรับคำจระเข้แล้วก็ทำตามที่จระเข้สั่ง ตั้งแต่นั้นมาธงรูปจระเข้จึงปรากฏตามวัดต่าง ๆ ในเวลามีการทอดกฐิน อนึ่ง มีข้อความในจาตุมสูตรตอนหนึ่ง

แสดงภัยที่จะเกิดกับพระไว้ ๔ อย่างด้วยกัน ซึ่งเปรียบด้วยภัยที่เกิดแก่บุคคลที่ลงในแม่น้ำหรือทะเล คือ

๑. ภัยเกิดแต่ความอดทนต่อโอวาทคำสอนมิได้ ท่านเปรียบเสมือนคลื่น เรียกว่า อุมฺมิภยํ

๒. ภัยเกิดแต่การเห็นแก่ปากแก่ท้อง ทนความอดอยากมิได้ท่านเปรียบเสมือนจระเข้ เรียกว่า กุมฺภีลภยํ

๓. ภัยเกิดแต่ความยินดีในกามคุณ ๕ ท่านเปรียบเสมือนวังน้ำวน เรียกว่า อาวฏฺฏภยํ

๔. ภัยเกิดแต่การรักผู้หญิง ท่านเปรียบเสมือนปลาร้ายเรียกว่า สุสุกาภยํ พิจารณารูปธงที่ช่างประดิษฐ์ขึ้น จะเห็นว่ามีภัย ๔ อย่างอยู่ครบ

ต่างแต่ว่าเด่นมาก เด่นน้อย หรือเป็นเพียงแทรกอยู่ในความหมายที่เด่นมาก คือ รูปจระเข้ รองลงไปคือ รูปคลื่น ส่วนอีก ๒ อย่างคือ รูปวังน้ำวนและปลาร้าย ปรากฏด้วยรูปน้ำเป็นสำคัญ บางรายเขาเพิ่มธงปลาร้ายขึ้นอีกธงหนึ่ง เรียกว่า “ธงมัจฉา” ธงรูปจระเข้หรือธงรูปนางมัจฉานี้ ปักไว้ที่หน้าวัด เพื่อแสดงให้ทราบว่าที่วัดนี้ได้มีการทอดกฐินแล้ว ผู้ที่ผ่านไปมาจะได้พลอยอนุโมทนาด้วย

“ข้อมูลสนับสนุนจากหนังสือ ๑๐๘ ซองคำถาม / สำนักพิมพ์สารคดี”