สถูปบรมพุทโธ รูปทรงคล้ายพีระมิดแบบขั้นบันได กล่าวคือ สร้างอยู่บนฐานสี่เหลี่ยมสูงใหญ่ลดหลั่นขี้นไป มีเจดีย์ตรงยอดบนสุดเป็นสัญลักษณ์ของสถูปแบบศรีวิชัย ไม่มีห้องบูชาภายใน แต่มีระเบียงทางเดินโดยรอบเปิดหลังคาโล่ง ประติมากรรมแกะสลักงดงาม หมายถึง ธรรมะ ธรรมชาติ และจักวาล

บรมพุทโธ สร้างจากหินลาวาภูเขาไฟเกือบ 2 ล้านก้อน มีพื้นที่รวมประมาณ 55,000 ตารางเมตร ส่วนฐานรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส มีความยาวจากทิศเหนือจดใต้ 120 เมตร จากทิศตะวันออกจดตะวันตก 114 เมตร ความสูงประมาณ 28 เมตร แต่ละด้านมีบันได และซุ้มประตูขึ้นสู่เจดีย์

หากมองจากด้านบน จะเห็นรูปทรงของบรมพุทโธ มีลักษณะคล้ายดอกบัวบานขนาดใหญ่ เป็นชั้นลดหลั่นไล่ขึ้นไป 10 ชั้น ชั้นที่ 1-6 เป็นระเบียงทางเดินรูปสี่เหลี่ยม อีก 3 ชั้น ถัดไป เป็นรูปทรงกลมมีจุดศูนย์กลางเดียวกัน หมายถึง ทศภูมิของพระโพธิสัตว์ บ้างก็ว่า บรมพุทโธ เป็นตัวแทนของมัณฑละ ในภาษาสันสกฤตแปลว่า วัฏจักร โดยมีรูปแบบวงกลม สี่เหลี่ยม และสามเหลี่ยมซ้อนกัน มีจุดศูนย์กลางเดียวกัน

มหาสถูปแบ่งเป็น 3 ระดับ แสดงหนทางแห่งภาวะรู้แจ้ง โดยแบ่งโลกเป็น 3 ภพ หรือ 3 ธาตุ ได้แก่ กามธาตุ รูปธาตุ และอรูปธาตุ

กามธาตุ เป็นระดับล่างสุดของชีวิต มนุษย์ในโลกกามารมณ์ ยังมีความรู้สึกและความต้องการอยู่มาก คือ ฐานสี่เหลี่ยมของบรมพุทโธ ประกอบด้วยขั้นบันไดใหญ่ 4 ขั้น กำแพงรอบฐานมีภาพสลักประมาณ 160 ภาพ แสดงกิริยาบ่งบอกความสนุกสนาน และความปราถนาทางโลกมนุษย์

รูปธาตุ เป็นชั้นกลาง หมายถึงโลกของมนุษย์ที่มีสติควบคุมความรู้สึกฝ่ายต่ำ แต่ยังคงยึดติดกิเลส อันเป็นธรรมชาติของมนุษย์ คือ ระเบียงทางเดินรูปสี่เหลี่ยม ด้านหนึ่งเป็นผนังหิน อีกด้านเป็นราวระเบียง มีรูปสลักนูนต่ำเรียงรายตลอดแนวทางเดิน จำนวนมากกว่า 2,000 ภาพ บรรยายเรื่องราวพุทธประวัติ การเดินทางแสวงหาความหลุดพ้นของเจ้าชายสิทธัตถะ ในชั้นนี้มีพระพุทธรูปปางต่างๆ รวม 432 รูป ถัดไปอีก 3 ชั้น เป็นระเบียงทางเดินรูปทรงกลม มีจุดศูนย์กลางเดียวกัน ประกอบด้วยเจดีย์ทรงระฆังคว่ำจำนวน 72 องค์ เจดีย์แต่ละองค์บรรจุพระพุทธรูปปางสมาธิ ประติมากรรมแบบศรีวิชัย คือ สวมจีวรบางแนบเนื้อ ตั้งเรียงรายเป็นบริวาร 4 ทิศ โอบล้อมพระเจดีย์องค์ใหญ่ ซึ่งอยู่ชั้นยอดของบรมพุทโธ

อรูปธาตุ เป็นชั้นสูงสุด หมายถึง โลกของมนุษย์ที่ไม่ยึดติดในรูป เสียง กลิ่น รส อีกแล้ว คือ เจดีย์องค์ใหญ่ อันเป็นสัญลักษณ์สุดยอดของบรมพุทโธ ขนาดเส้นผ่านศูนย์กลาง 15 เมตร

สมัยก่อนชาวพุทธทั่วเอเซียตะวันออกเฉียงใต้ เดินทางไปจาริกแสวงบุญที่นี่ โดยเดินขึ้นบันไดทางทิศตะวันออก วนตามเข็มนาฬิกา เพื่อศึกษาความหมาย ความลึกลับ และการแสวงหาพระธรรมจนบรรลุโสดาบัน พอต้นพุทธศตวรรษที่ 18 เป็ยยุคเสื่อมของอาณาจักรศรีวิชัย เวลานั้นชาวโปรตุเกส เริ่มเข้ามายึดครองหมู่เกาะต่างๆ ประกอบกับศาสนาอิสลามแผ่อิทธิพลเข้ามา กลายเป็นศาสนาประจำชาติของอินโดนีเซียในที่สุด

ที่ฐานเจดีย์ องค์หนึ่งจะมีพระพุทธรูปอยู่ข้างใน ซึ่งเล่าต่อกันมาเชื่อกันว่าถ้าใครมีบุญพอ เมื่อยื่นแขนเข้าไปด้านในก็ สามารถสัมผ้สที่ส่วนพระหัตถ์ได้ และจะมีโอกาสได้กลับมาเที่ยวที่พุทธสถานแห่งนี้อีก ฉะนั้นใครที่มาเที่ยว ณ.ที่นี่ ก็จะลองสอดแขนเข้าไปในองค์เจดีย์เพื่อทดสอบกันเกือบทุกคน

บรมพุทโธ ที่เคยยิ่งใหญ่ในอดีต จึงถึงกาลเสื่อมถอย และถูกทิ้งร้างลืมเลือนกันไปนานหลายร้อยปี จนกระทั่ง เซอร์โทมัส สแตนฟอร์ด ราฟเฟิล ข้าหลวงชาวอังกฤษ เข้ามาปกครองอินโดเซีย มีการค้นพบพระเจดีย์ในสภาพปรักหักพัง จึงเริ่มการบูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งแรก เมื่อปี พ.ศ. 2448 ข่าวการค้นพบมหาเจดีย์แพร์สะพัดออกไป บรรดาผู้เชี่ยวชาญทางศาสนาในเอเซีย จึงเดินทางไปศึกษา และได้ยกย่อง บรมพุทโธ ว่าเป็นพุทธวิหารที่ยิ่งใหญ่อันดับหนึ่งของโลก

ใน พ.ศ. 2516 รัฐบาลอินโดนีเซีย ได้เริ่มต้นโครงการการปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่ มีองค์การยูเนสโกแห่งสหประชาชาติ เป็นหัวเรือใหญ่ให้ทุนสนับสนุนการบูรณะนานกว่า 8 ปี และได้รับความร่วมมือร่วมใจจากหลายชาติอย่างที่ไม่เคยปรากฏมาก่อน ในที่สุด มหาเจดีย์บรมพุทโธ ได้เผยความสง่างาม แฝงปรัชญาลึกซึ้งทางพุทธศาสนา และเป็นมรดกโลกแห่งหนึ่ง ที่มีผู้มาเยือนอย่างไม่ขาดสาย โดยเฉพาะพุทธศาสนิกชน