ตำหนักทองวัดไทร หรือ ตำหนักพระเจ้าเสือ ตั้งอยู่ริมคลองสนามไชย (คลองด่าน) เป็นสถาปัตยกรรไม้สมัยอยุธยาที่สำคัญและเหลืออยู่เพียงไม่กี่หลัง ตามประวัติเชื่อว่าเป็นตำหนักที่ประทับของสมเด็จพระศรีสุริเยนทราธิบดี(พระเจ้าเสือ) พ.ศ.2245 – 2251 หรือของพระมหากษัตริย์ พระองค์ใดองค์หนึ่งในช่วงนั้นจนสิ้นกรุง ได้สร้างถวายรวมกับหมู่กุฏิสงฆ์โดยรอบตำหนัก (ถูกรื้อไปแล้ว) ในคราวเสด็จประพาสทางทะเล โดยใช้เส้นทางคลองด่านเป็นทางพระราชดำเนินผ่าน และมีการแวะพักกลางทาง ณ สถานที่แห่งนี้

รูปแบบอาคาร เป็นอาคารไม้ทรงไทยขนาด 3 ห้อง (3 ช่วงเสา) มีชานข้างพร้อมบันไดปูน (สันนิษฐานว่าเป็นการต่อเติมภายหลัง) ภายในอาคารมีการตกแต่งด้วยลวดลายเขียนสีทั้งฝาและโครงหลังคา หลังบานประตูภายในห้องบรรทมเขียนเป็นรูปทวารบาล ฝาภายนอกมีการลงรักเขียนลายรดน้ำตกแต่งบ้านหน้าต่าง ประดับด้วยกระจกเกรียบสีเขียวและขาว

อาคารหลังนี้เชื่อว่าถูกบูรณะมาแล้วหลายครั้ง ตั้งแต่สมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ จนกระทั่งปัจจุบันในปีพ.ศ.2545 กรมศิลปาการร่วมกับทางวัดได้ทำการบูรณะอาคารหลังนี้อีกครั้งตามหลังวิชาการ โดยมีการบูรณะโครงสร้างอาคารและชานข้างที่ชำรุด พร้อมปรับระดับพื้นล่างให้สูงขึ้น โดยคงสัดส่วนอาคารไว้เช่นเดิม พร้อมทั้งทำการอนุรักษ์ลายรดน้ำ จิตรกรรมที่เหลืออยู่ โดยทำความสะอาด เสริมความมั่นคงภาพ เพื่อสงวนรักษาและส่งต่อสมบัติของชาติอันมีค่ายิ่งชิ้นนี้ให้แก่ลูกหลานต่อไป

วัดไทรเป็นวัดที่มีความสำคัญมาตั้งแต่สมัยอยุธยา ดังที่ยังปรากฏหลักฐานพระพุทธรูปสลักหินทรายสีแดง ปางสมาธิ ปางมารวิชัย พระพุทธรูปทรงเครื่อง อยู่ในพระวิหาร และมีใบเสมาสลักหินทรายสีแดง อยู่ด้านตะวันตกของพระอุโบสถ เหลืออยู่ 1 หลัก วัดไทรได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อประมาณ 2251 เขตวิสุงคามสีมา กว้าง 8.15 เมตร ยาว 16.15 เมตร