แม่น้ำปาย เป็นแม่น้ำที่ใหญ่และยาวที่สุดของจังหวัดแม่ฮ่องสอน เกิดจากทิวเขาถนนธงชัยและทิวเขาแดนลาวในเขตอำเภอปายไหลผ่าน 3 อำเภอในจังหวัดเดียว คือ อ.ปาย-อ.ปางมะผ้า-อ.เมือง ก่อนจะไหลลงสู่แม่น้ำสาละวิน แต่ละช่วงมีทิวทัศน์ธรรมชาติที่สวยงาม แล้วไหลลงมาทางทิศใต้ผ่านอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน ไปบรรจบกับแม่น้ำสาละวิน (แม่น้ำคง) ในเขตรัฐคะยา สหภาพพม่า มีความยาวประมาณ 180 กิโลเมตร กว้างประมาณ 30 เมตร และลึกประมาณ 7 เมตร ท้องน้ำมีลักษณะเป็นกรวดทราย และในฤดูแล้งน้ำลึกประมาณ 1 เมตร ตลอดลำน้ำปายนี้สามารถล่องแพได้