วัดกุฎีดาวเป็นเสมือนวัดคู่แฝดกับวัดมเหยงคณ์
เพราะต่างก็ได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งสำคัญในรัชสมัยพระเจ้าท้ายสระ (ครองราชย์ พ.ศ. ๒๒๕๒ - ๒๒๗๕)
วัดมเหยงคณ์ซึ่งเป็นวัดที่ตั้งอยู่ด้านตะวันออกของวัดกุฎีดาวนั้นบูรณะโดยกษัตริย์
ส่วนวัดกุฎีดาวบูรณะโดยพระอนุชาซึ่งดำรงตำแหน่งพระมหาอุปราช หรือวังหน้า
และได้เป็นกษัตริย์องค์ต่อมา คือ พระเจ้าบรมโกศ (ครองราชย์ พ.ศ. ๒๒๗๕ - ๒๓๐๑) วัดกุฎีดาวเริ่มการบูรณะหลังการบูรณะวัดมเหยงคณ์ ๒ ปี คือเริ่มบูรณะในปี พ.ศ. ๒๒๕๔ และบูรณะเสร็จในอีก ๓ ปีถัดมา
วัดกุฎีดาวเป็นวัดที่ได้รับการบำรุงรักษา และมีความสำคัญในทั้ง ๒ รัชสมัย ทั้งสมัยพระเจ้าท้ายสระ และสมัยพระเจ้าบรมโกศ อันเป็นยุคที่บ้านเมืองสงบสุข
เป็น ยุคทอง สมัยอยุธยาตอนปลาย เมื่อสิ้นรัชสมัยพระเจ้าบรมโกศ ก็เป็นระยะเวลาเพียง ๑๐ ปี ก่อนการเสียกรุงครั้งที่ ๒
เหตุนี้ วัดกุฎีดาวจึงยังคงมีสภาพของโบราณสถานที่ดีกว่าวัดอื่นๆ ในแถบนี้