มาลองอ่านประวัติความเป็นมากันก่อน วัดพันอ้น นั้นแต่เดิมนั้นมีวัดอยู่ 2 วัดคือวัดพันอ้น และมีวัดข้างเคียงวัดหนึ่งชื่อว่า วัดเจดีย์ควัน เป็นวัดเล็กๆ อยู่ทางทิศตะวันตกของวัดพันอ้น สันนิษฐานว่าสร้างขึ้นในสมัยเดียวกันและก็เป็นวัดที่มีขนาดแล็กทั้งคู่ และบวกกับระยะนั้นเป็นยุคที่ล้านนารุ่งเรืองด้วยศิลปวัฒนธรรมอย่างยิ่ง มีการสร้างวัดวาอารามขึ้นมากมายในสมัยพระเมืองแก้วนี้ ต่อมาทั้งสองวัดได้รวมเป็นวัดเดียวกันคือ วัดเจดีย์ควันพันอ้น แต่คนทั่วไปมักจะเรียกง่าย ๆ ว่า วัดพันอ้น

จนถึงปี พ.ศ. 2474 ตรงกับสมัยพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 7 ก่อนเปลี่ยนแปลงการปกครองแผ่นดินและสมัยเจ้าแก้วนวรัฐ เจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ องค์ที่ 9 (องค์สุดท้าย) คณะสงฆ์ สมัยนั้น คือหลวงพ่อพระอภัยสารทะ วัดทุงยู เป็นเจ้าคณะจังหวัดเชียงใหม่ ได้พิจารณาเห็นว่า วัดพันอ้น เป็นศูนย์กลางเหมาะสมที่จะตั้งเป็นสำนักเรียนประจำจังหวัดเชียงใหม่ แต่พื้นที่ไม่กว้างขวางและค่อนข้างคับแคบ จึงได้ขยายบริเวณวัดออกไปทางทิศตะวันตกซึ่งเป็นที่ของวัดเจดีย์ควันซึ่งตอน นั้นเป็นวัดร้าง ส่วนเจดีย์ควัน ปัจจุบันนี้สภาพของเจดีย์ไม่ปรากฏให้เห็น เพราะในปี พ.ศ. 2498 หลวงพ่อพระครูศรีปริยัตยานุรักษ์ ได้รื้อเจดีย์ออกแล้วสร้างศาลาการเปรียญแทนซึ่งปัจจุบันปรากฏให้เห็นเพียง หลุมเจดีย์เท่านั้น